元祖と本家の違い

※追記
元祖と本家両方のバージョンを遊んだ人だけが行くことのできる「隠しダンジョン」の存在が明らかになりました。
隠しダンジョン限定のボス「金色のガシャドクロ」が出現する。
特別な隠しダンジョンの情報はこちら

元祖と本家の内容はあまり変わらないかと思っていましたが、出現する妖怪が違うようです。

一部のクエストも元祖のみ、本家のみというオリジナルクエストが存在するようです。

購入特典の妖怪が違う

パッケージ版購入特典
元祖：ニャイーンができるジバニャン
本家：コマニャチができるジバニャン
ダウンロード版購入特典
元祖：ロヴォニャンF型
本家：セーラーニャン

妖怪ウォッチ2には、元祖のみ、本家のみでしか入手できない妖怪が10体以上いるというウワサ。

ただし、今作は通信交換で妖怪を交換することができるので、持っているバージョンに出現しない妖怪も、通信交換で入手できる可能性がある。

元祖に出現	本家に出現
ミツマタノヅチ（1のボス）オロチ激ドラゴンのっぺら坊ムカムカデ U.S.O	つられたろう丸（1のボス）キュウビ一つ目小僧ヒライ神雷蔵りもこんかくし

一部のクエストが元祖のみ、本家のみとのこと。
結果として、元祖のみ手に入るレアアイテム、本家のみ手に入るレアアイテムが存在する。

インターネット通信対戦で、元祖と本家の勝利数がそれぞれ表示集計される。

それおぞれのバージョンで、オープニング曲が違う。
元祖版：祭り囃子でゲラゲラボー
初恋峠：ゲラゲラボー