真打限定、元祖限定、本家限定で出現する妖怪
妖怪ウォッチ2には、真打と元祖と本家の3バージョンがあるが、真打だけにしか出現しない妖怪、元祖だけにしか出現しない妖怪、本家だけにしか出現しない妖怪がいる。
真打発売後は、元祖と本家でも3バージョン連動の黒鬼、赤鬼、青鬼、妖怪ガッツK、妖怪ガッツFを入手できます。（12/13配信の更新データver2.0（無料）をダウンロードが条件）
真打にだけ出現する妖怪
上級怪魔でない怪魔達の合成素材として使う「怪魔の素」は、現在確認している分では、真打のゲラゲランド内に1つと、上級怪魔達を友達にするクエストで1つずつ（合計5つ）入手できます。
| 真打に出現 | 入手条件 |
|---|---|
| ヒカリオロチ | ヒカリオロチの居場所、出現、入手方法 |
| ヤミキュウビ | ヤミキュウビの居場所、出現、入手方法 |
| 厄怪 | 厄怪の入手方法、居場所 |
| 不怪 | 不怪の入手方法、居場所 |
| 豪怪 | 豪怪の入手方法、居場所 |
| 難怪 | 難怪の入手方法、居場所 |
| 破怪 | 破怪の入手方法、居場所 |
| あかなめ・怪 | 合成：怪魔の素ｘあかなめ |
| 泥田坊・怪 | 合成：怪魔の素ｘ泥田坊 |
| えんらえんら・怪 | 合成：怪魔の素ｘえんらえんら |
| 河童・怪 | 合成：怪魔の素ｘ河童 |
| から傘お化け・怪 | 合成：怪魔の素ｘから傘お化け |
| ざしきわらし・怪 | 合成：怪魔の素ｘざしきわらし |
| くだん・怪 | 合成：怪魔の素ｘくだん |
| けうけげん・怪 | 合成：怪魔の素ｘけうけげん |
| にんぎょ・怪 | 合成：怪魔の素ｘにんぎょ |
| ろくろ首・怪 | 合成：怪魔の素ｘろくろ首 |
| コマじろうS | コマじろうSの入手方法、居場所 |
元祖にだけ出現する妖怪
| 元祖に出現 | 入手条件 |
|---|---|
| オロチ | オロチを仲間にする方法はこちら |
| 激ドラゴン | ムカムカデがLv26で進化 |
| のっぺら坊 | 過去桜町の路地裏「中井戸通り」に出現 |
| ミツマタノヅチ（1のボス） | ミツマタノヅチを仲間にする方法はこちら |
| ムカムカデ | 現代のケマモト村キウチ山に出現 |
| U.S.O | さくら住宅街の木の上に出現、ウォッチランクC |
| ジバニャンS | ジバニャンSの入手方法、居場所 |
本家にだけ出現する妖怪
| 元祖に出現 | 入手条件 |
|---|---|
| キュウビ | キュウビを仲間にする方法はこちら |
| つられたろう丸（1のボス） | つられたろう丸を仲間にする方法はこちら |
| 一つ目小僧 | 過去桜町の路地裏「中井戸通り」に出現 |
| ヒライ神 | 雷蔵がLv29で進化 |
| 雷蔵 | 現代のおおもり山の廃トンネルの西の空洞に出現 |
| りもこんかくし | さくら住宅街のあちこちの車の下や自動販売機の下に出現、ウォッチランクC |
| コマさんS | コマさんSの入手方法、居場所 |